Der Begriff „Kirchenasyl“ ist kein Rechtsgebilde, auf welches man sich berufen kann. Weder kennt das kirchliche Recht ein institutionalisiertes eigenes „Asyl“, noch akzeptiert der Staat eine individuelle Schutzgewährung im Rahmen der kirchlichen Autonomie. Auch in den Gebäuden der Kirche findet das staatliche Recht uneingeschränkte Anwendung.
Die beiden großen Kirchen in Deutschland und das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge (BAMF) haben jedoch im Interesse der wechselseitigen Akzeptanz eine Vorgehensweise für den Umgang mit Kirchenasylfällen vereinbart. Diese Vereinbarung soll es Kirchengemeinden und Ordensgemeinschaften weiterhin ermöglichen, „im Rahmen von Kirchenasyl Einzelfälle, in denen besondere Härten befürchtet werden, noch einmal vortragen zu können. Hierfür wurden sowohl auf Seiten des BAMF als auch auf Seiten der Kirchen feste Ansprechpartner benannt.“ (Die deutschen Bischöfe, aaO, S. 13f.).
Kirchenasyl zielt allein darauf ab, in einem konkreten Einzelfall, bei dem eine besondere Härte gesehen wird, die zuständigen staatlichen Stellen darum zu bitten, ihre Entscheidung nochmals zu überprüfen.