Die Studiengänge "Katholische Theologie" (Abschluss "Magister Theologiae" / Kirchliches Examen) und "Katholische Religionslehre" bzw. "Bachelor Begleitfach" sind in Modulen organisiert, die eine enge interdisziplinäre Vernetzung garantieren. Das berufsorientierende Schwerpunktstudium ermöglicht, Praktika und Kurse in kirchlichen und außerkirchlichen Feldern als Teil des Studiums anerkennen zu lassen.
Die vier Fachgruppen (biblisch, historisch, systematisch und praktisch) bedingen eine große Methodenvielfalt und vielfältige Kooperationen mit anderen Fakultäten. Die besondere Kooperation mit der Evangelisch-Theologischen Schwesterfakultät zeigt sich z.B. in der gemeinsamen theologischen Bibliothek mit modernsten Studierplätzen und in Forschungskooperationen. Die Forschungsaktivitäten sind interkonfessionell und interdisziplinär ausgerichtet, wobei jedes theologische Fach eigene Forschungsschwerpunkte einbringt.
Im Rahmen der gesamteuropäischen Studienreform (Bologna-Reform) ist auch das Theologiestudium umgestaltet worden und seitdem nach unterschiedlichen Themen (Module) gegliedert (z.B. "Jesus Christus und die Gottesherrschaft"), zu denen die verschiedenen theologischen Disziplinen (Dogmatik, Liturgie, Exegese des Neuen Testaments etc.) in Vorlesungen und Seminaren beitragen. Die einzelnen Module werden jeweils schriftlich oder mündlich geprüft.