Die Kongregation der Sisters of Charity wurde am 21. November 1944 von dem Diözesanpriester Augustine John Ukken, einem dynamischen Seelsorger der Erzdiözese Thrissur gegründet. Die meisten Ordensschwestern in der Diözese Thrissur widmeten sich damals hauptsächlich dem Gebet und der Bildungsarbeit. Es war eine Zeit, in der es weder als angebracht noch als ratsam galt, dass Ordensschwestern im Bereich der sozialbarmherzigen Arbeit tätig waren. Das erste Haus wurde mit drei Ordensmitgliedern, den Schwestern Kochuthresia, Mary und Reetha in Chowannoor, in der Nähe von Kunnamkulam, eröffnet. Die CMC-Schwestern waren für die Grundausbildung der Schwestern-Aspirantinnen zuständig, doch das Noviziat wurde mit Hilfe der Schwestern von Destitute durchgeführt.
Als 1956 die ersten Schritte zur Ausarbeitung der Statuten in die Wege geleitet waren, starb der Gründer. So orientierte sich die Schwesterngemeinschaft an der Spiritualität des franziskanischen Kapuzinerordens und gab sich den Namen "Barmherzige Schwestern des Heiligen Franz von Assisi". Die Statuten der Kongregation wurden seitdem zweimal überarbeitet und erneuert, das erste Mal 1970 und das zweite Mal 1992. Auf der Synode von 1991 wurde u. a. die Beibehaltung des ursprünglichen Namens der Kongregation "Schwestern der Barmherzigkeit" diskutiert und der Name "Sisters of Charity" beschlossen. Der Heilige Stuhl stimmte den überarbeiteten Statuten zu und erteilte der Schwesterngemeinschaft am 18. Mai 1995 die Päpstliche Anerkennung.