Ernst von Bayern
1583 zog Ernst von Bayern in die freigekämpfte Residenzstadt Bonn ein. Der kölnische Krieg ging zu Ende, Erzbistum und Kurstaat Köln blieben überwiegend katholisch. Der neue Erzbischof war Bischof von mehreren Bistümern und stärkte dadurch die katholische Schutzmacht im Nordwesten des Reiches.
Er trat ein schweres Erbe an, u.a. durch große finanzielle Probleme durch die Kriegssituation. Durch den Krieg der Niederlande gegen Spanien gab es große Probleme mit verhassten landfremden erzbischöflichen Räten und Ernst verzichtete zu Gunsten seines Neffen Ferdinand auf die aktive Ausübung der Regierungsgeschäfte. Er hatte die Hoffnungen auf eine Erneuerung der Kirche, auch wegen seines "sündigen" Lebensstils, nicht erfüllen können. 1584 wurde von Rom eine ständige Nuntiatur in Köln eingerichtet, die unmittelbar Erkenntnisse über die religiöse Entwicklung in Nordwestdeutschland an das päpstliche Staatssekretariat übermittelte.
Ferdinand von Bayern
Ferdinand, erst Koadjutor, später Kurfürst, wurde während seiner 55jährigen Regierungszeit der bedeutendste Bischof der katholischen Reform in Köln. Er verwaltete das verschuldete Land, das nach dem Kölnischen Krieg keinen neutralen Status mehr hatte. Das Wichtigste war ihm die Behauptung und Durchsetzung der katholischen Religion im Erzstift und im Reich und eine an den Wittelsbacher Hausinteressen ausgerichtete "Außenpolitik". Er konnte Köln nicht aus den Wirren des Dreißigjährigen Krieges heraus halten. Ferdinand baute die kurkölnischen Zentralbehörden aus, deren Vorsteher seine Berater waren.Wie Ernst war auch er von den Jesuiten erzogen worden. Er führte eine strenge Kirchenzucht ein und verfiel auch dem Hexenwahn.
Maximilian Heinrich von Bayern
Maximilian wurde 1642 zum Koadjutor seines Onkels gewählt und trat 1650 als Erzbischof sein Erbe an. Er schien dem Idealbild des katholischen Erneuerer zu entsprechen, war aber menschenscheu und willensschwach und dadurch ungeeignet für seine Aufgaben, die er seinen Mitarbeitern überließ. Die mit Staatsgeschäften betrauten Brüder Franz und Wilhelm Egon von Fürstenberg zogen das Kölner Erzstift in Auseinandersetzungen um Herrschaft und die Hegemonie in Europa hinein. Maximilian starb, ehe der Papst Wilhelm als Koadjutor bestätigen konnte.
Joseph Clemens von Bayern
Nach einer Wahl zwischen Wilhelm von Fürstenberg und Joseph Clemens von Bayern zum neuen Erzbischof, entschied sich der Papst für Joseph, was einer der Gründe für den Ausbruch des sogenannten Pfälzischen Krieges war. Joseph Clemens wurde durch den Kölner Weihbischof von Anethan in der Leitung der Erzdiözese unterstützt. Er fühlte sich eher zum Soldaten als zum Geistlichen berufen, zweifelte an seiner Eignung als Bischof und empfing darum erst 1707 die höheren Weihen. Im Spanischen Erbfolgekrieg geriet er an die Seite Frankreichs.
Joseph Clemens gab seinen bisherigen Lebensstil nicht auf und verärgerte den Bonner Hof, indem er die Mutter seiner Kinder mit nach Bonn brachte. Seine negativen Eigenschaften schadeten dem Erzstift. Andrerseits Leitete er den Wiederaufbau des Residenzschlosses ein und begann mit dem Bau des Poppelsdorfer Schlosses (heute: in Bonn-Poppelsdorf)
Clemens August von Bayern
Dieser Wittelsbacher war populärste Erzbischof und Kurfürst der Neuzeit, da unter ihm der rheinische Barock mit einer Reihe prächtiger Bauten seinen Höhepunkt erlebte. Seine politischen und kirchlichen Leistungen waren dagegen eher unbedeutend, obwohl er als "Herr über fünf Kirchen" mehr Macht als irgendein Amtsvorgänger vor ihm hatte. Durch zeitweilige Depressionen wurde seine Politik unberechenbar. Auch Clemens August verspürte wenig Neigung zum Priesterberuf trotz seiner Frömmigkeit, mit der er für die Ausbreitung des katholischen Glaubens und die Wiedereröffnung des Priesterseminars sorgte.
Max Friedrich von Königseck-Rotenfels
Das Kölner Domkapitel war der Wittelsbacher überdrüssig geworden und mit Unterstützung des Papstes wurde Max Friedrich 1761 Erzbischof von Köln. Während seiner 23jährigen Regierungszeit interessierte ihn weder die Aufklärungsbewegung, die den Barock ablöste, noch die Regierung im Kurstaat und die Leitung des Erzbistums, er überließ alles seinen Beratern. Der zum alleinigen Minister berufene Belderbusch versuchte die Neutralität des Stiftes zu wahren und eine moderne Wirtschafts- und Kulturpolitik einzuleiten. Er veräußerte kostbare Kunstwerke um den Schuldenberg abzubauen. Mit ihm beteiligte sich Köln an der Koblenzer Konferenz, die die Stärkung der bischöflichen Gewalt forderte. Durch seine Sparsamkeit war er beim Volk unbeliebt, sein Wort galt mehr als das des Kurfürsten. Max Friedrich war politisch unbedeutend und überließ Belderbusch viele Entscheidungen, selbst die Ernennung des Max Franz von Österreich zum Koadjutor in Köln.
Maximilian Franz von Österreich
Max Franz hatte eine gediegene Ausbildung in Rechts- und Verwaltungswissenschaft, wehrte sich anfangs gegen seine Ernennung zum Koadjutor, widmete sich dann aber eifrig den theologisch-philosophischen Studien. 1784 übernahm der den Kölner Erzbischofsstuhl und versuchte gewissenhaft und ernst seine Aufgaben zu erfüllen. Er entschied die wichtigsten Sachen selbst, straffte das Justizwesen und bemühte sich um die Hebung des Schulwesens und eine Verbesserung der Seelsorge. Max Franz betrachtete sich als die allein verantwortliche Instanz seiner Erzdiözese, wodurch er in einen Nuntiaturstreit hineingezogen wurde, der ihm den persönlichen Respekt des Papstes trotz der Schärfe der Auseinandersetzungen bewahrte.
Er war der sympathischste Kurfürst seit langem, hatte nur eine kurze Regierungszeit und musste kurz vor seinem Tod den Untergang seiner rheinischen Kurlande erleben. Das 1500 Jahre alte Erzbistum links des Rheins wurde dem neu errichteten Bistum Aachen zugeschlagen.
Bischof und Bischofsideal in der frühen Neuzeit
Das Trienter Konzil forderte u.a. die Residenzpflicht eines Bischofs in seinem Bistum, verbot die Vereinigung mehrerer Diözesen in einer Hand, schrieb einen theologischen Grad bzw. Lehrbefähigung und Subdiakonsweihe vor der Wahl vor und hielt das Zölibat für eine Selbstverständlichkeit. Kein Kölner Erzbischof erfüllte diese Vorschriften, die meisten aber waren redlich bemüht, die kirchlichen Aufgaben nach bestem Können zu lösen.