Die theologische Studienphase an der KHKT dauert im Regelfall drei Jahre mit folgenden Fächern, die in modularisierter Weise gelehrt werden:
- Philosophie
- Altes Testament
- Neues Testament
- Kirchengeschichte & Patrologie
- Theologie des Geistlichen Lebens
- Fundamentaltheologie
- Dogmatik
- Moraltheologie
- Christliche Gesellschaftslehre
- Liturgiewissenschaft
- Kirchenrecht
- Pastoraltheologie
- Pastoralpsychologie
- Religionspädagogik
- Caritaswissenschaften
- Homiletik
Die Studien erfolgen nach zeitlicher Maßgabe der KHKT nebenberuflich, wobei viele Lerninhalte auch in digitaler Weise (Lernplattformen, hybride Vorlesungen, Mediathek, etc.) erworben werden können. Der Zeitaufwand ist vergleichbar mit anderen nebenberuflich zu absolvierenden Studiengängen.
Seitens des Diakoneninstituts gibt es je Studienjahr (Oktober bis September) einen Paartag (samstags), ein Exerzitienwochenende (freitagabens bis sonntagnachmittags) und 3 sog. "Diakonatskreistreffen" (freitagabens bis samstagnachmittags).