1583 zog Ernst von Bayern in die freigekämpfte Residenzstadt Bonn ein. Der kölnische Krieg ging zu Ende, Erzbistum und Kurstaat Köln blieben überwiegend katholisch. Der neue Erzbischof war Bischof von mehreren Bistümern und stärkte dadurch die katholische Schutzmacht im Nordwesten des Reiches.
Er trat ein schweres Erbe an, u.a. durch große finanzielle Probleme durch die Kriegssituation. Durch den Krieg der Niederlande gegen Spanien gab es große Probleme mit verhassten landfremden erzbischöflichen Räten und Ernst verzichtete zu Gunsten seines Neffen Ferdinand auf die aktive Ausübung der Regierungsgeschäfte. Er hatte die Hoffnungen auf eine Erneuerung der Kirche, auch wegen seines "sündigen" Lebensstils, nicht erfüllen können. 1584 wurde von Rom eine ständige Nuntiatur in Köln eingerichtet, die unmittelbar Erkenntnisse über die religiöse Entwicklung in Nordwestdeutschland an das päpstliche Staatssekretariat übermittelte.
Ferdinand von Bayern
Ferdinand, erst Koadjutor, später Kurfürst, wurde während seiner 55jährigen Regierungszeit der bedeutendste Bischof der katholischen Reform in Köln. Er verwaltete das verschuldete Land, das nach dem Kölnischen Krieg keinen neutralen Status mehr hatte. Das Wichtigste war ihm die Behauptung und Durchsetzung der katholischen Religion im Erzstift und im Reich und eine an den Wittelsbacher Hausinteressen ausgerichtete "Außenpolitik". Er konnte Köln nicht aus den Wirren des Dreißigjährigen Krieges heraus halten. Ferdinand baute die kurkölnischen Zentralbehörden aus, deren Vorsteher seine Berater waren.Wie Ernst war auch er von den Jesuiten erzogen worden. Er führte eine strenge Kirchenzucht ein und verfiel auch dem Hexenwahn.
Maximilian Heinrich von Bayern
Maximilian wurde 1642 zum Koadjutor seines Onkels gewählt und trat 1650 als Erzbischof sein Erbe an. Er schien dem Idealbild des katholischen Erneuerer zu entsprechen, war aber menschenscheu und willensschwach und dadurch ungeeignet für seine Aufgaben, die er seinen Mitarbeitern überließ. Die mit Staatsgeschäften betrauten Brüder Franz und Wilhelm Egon von Fürstenberg zogen das Kölner Erzstift in Auseinandersetzungen um Herrschaft und die Hegemonie in Europa hinein. Maximilian starb, ehe der Papst Wilhelm als Koadjutor bestätigen konnte.